Hex sind Binärdaten in einem nicht näher spezifizierten Format, also zB die Firmware selbst, ähnlich einem ausführbaren Programm unter Linux oder Windows. Das wird dann per USB oder über die MIDI Schnittstelle geladen, so wie man zB auch einem Arduino seine Programme verpasst.
Sysex (system exclusive) sind MIDI Messages, die aber nur von einem bestimmten Gerät oder Hersteller verstanden werden, wird zB gerne gebraucht, um die komplette Konfiguration zu sichern.
Ob jetzt die Firmware selbst über Sysex geschickt werden kann weiß ich nicht, das dürfte eher unwahrscheinlich sein, da ja die MIDI Implementierung selbst ja wieder Teil der Firmware ist.