das Schöne an Thunderbird ist dass man direkten Zugriff auf alle Ordner, die man angelegt hat, auf der Festplatte hat. Man kann also, wenn man 10 Ordner hat und einer davon Wustpelle heisst, nur diesen Ordner Wurstpelle löschen, der Rest bleibt so wie er ist. Hierfür einfach mal nach dem Thunderbird Ordner auf der Platte suchen. Ich bin auf OS X, kann also nicht sagen wo das unter Windows ist.
Wenn man den Ordner gefunden hat ist die Hierarchie sicherlich immer identisch
Thunderbird -> Profiles -> <name> -> Mail -> <name Hoster> -> alle Dateien liegen hier drin.
Jeder Ordner hat 2 Dateien, "test2" hat "test2" und "test2.msf". Versuch diese manuell mal zu löschen.
Warum ich das weiss und wie ich das nutze: ich habe 2 Startlaufwerke für Musik und Webdev. Auf beiden ist thunderbird. Der Thunderbird Ordner auf dem Webvolume ist mein Hauptordner, der auf dem Musikvolume der untergeordnete. Wenn ich auf dem Musikvolume bin kommen alle Mails, die ich schreibe und bekomme, in den Ordner "Tausch". Und wenn ich das nächste mal auf dem Webvolume bin wird der Ordner "Tausch" vom Musikvolume rüberkopiert in den MailOrdner auf dem Webvolume. Dann habe ich alle neuen Mails auf dem Webvolume, zieh sie mir an die entsprechende Stelle und kopiere anschliessend Alles vom Webvolume in den Ordner vom Musikvolume. Das ist meine Art der manuellen Synchronisation, hat sich für mich seit Jahren bewährt.
Ich vermute dass Du da Probleme mit der Rechte Vergabe hast und nichts gelöscht werden kann.