Ich wüßte ehrlich gesagt nicht, warum das nicht ordentlich funktionieren sollte. Thunderbolt ist nichts Anderes als ein herausgeführter PCIe, über den die internen FireWire-Ports sowieso schon angeschlossen sind. Erscheint also dem System genau wie ein weiterer FireWire-Port, auch in den Core-Schnittstellen, die dann die Programme versorgen. Da würde ich mir absolut keinen Kopf drum machen.