Wenn du das Kit hast, müsste der Atmel eigentlich vorprogrammiert sein, bei mir V 1.04).
Andernfalls würde ich auch auf fehlende oder fehlerhafte SW tippen.
Hast du den USB-Chip selbst verlötet, oder war er schon vorbestückt?
Eventuell liegt dort der Fehler, sodass die Kommunikation zwischen Atmel und USB-Chip nicht funktioniert (Bestückungsfehler, schlechte Kontaktgabe am SMD-IC)
Leider kann ich noch nichts Genaueres dazu sagen, da ich mein Kit erst noch zusammenlöten muss.