Wenn die BS2 die Midi Clock Start Stop versteht, sollte das doch gehen - dann kannst du doch diese Events schicken und dann wird der Step mit einem Startbefehl weiter geschalten.
Sowas hab ich mal mitm microkorg gemacht - wenn da die Clock auf extern steht und die Clock zB aus ner DAW kommt (also nur aktiv ist, wenn auf Play und nicht dauerhaft an ist und sendet), dann wurde das Arpeggio nur weitergeschalten, wenn das Clocksignal kam.
Weiß nicht, ob das mit der BS2 auch geht.