PCI ist eigentlich die bessere Anbindung, allerdings ist diese nunmal eher was für Desktops. Solltest du mit dem Gedanken spielen das irgendwann auch am Mobilrechner zu machen, ist USB 3 am PC und bisher am Mac Firewire die bessere Wahl, welche theoretisch durch Thunderbolt abgelöst wird. Aber wir sind ja jetzt beim PC. Dort sind Treiber für Firewire leider nicht immer besonders zuverlässig - das meine ich im Sinne von - man muss danach suchen. Es ist natürlich möglich, dass es auch funktioniert. aber hier hast du eben diese beiden Optionen, wenn du also kannst nimm PCI.
Der PCI Bus ist allerdings in verschiedenen Versionen im Umlauf, deren Spannungen unterschiedlich sind, klassisch PCI, PCI X und PCI E sind einige Bezeichnungen, am Laptop gab es noch PCMCIA als Brücke zu PCI und die neuere Cardbus 3 Variante.
Es ist halt eher möglich, dass du beim nächsten Rechner ein anderes System hast oder einen anderen Systembus. PCI gibt es natürlich noch, aber mit welchen Specs ist nicht für immer in Stein gemeißelt.