Ich vermute, Du wechselst nicht den MIDI-Kanal, sonder die Spur (auf der dann ein anderer Kanal eingestellt ist).
Normalerweise dürfte bei einem reinen Kanalwechsel nicht das Programm gewechselt werden.
In der Parameterbox für das jeweilige Instrument (links vom Arrangement, falls nicht sichtbar, unter "View"/"Parameters" einschalten!) findest Du eine Checkbox für Programm-Changes (Prg).
Ist diese angewählt, wird beim aktivieren der Spur (=Instrument) der eingestellte Programm-Change gesendet.
Deaktiviere diese Checkbox, wenn Du das nicht willst.