snap und flatpack entsprechen halt mehr der im Windows-Umfeld üblichen Weise Software zu installieren. Die Installation bringt im Prinzip alles was an Programbiliotheken (DLLs) gebraucht wird selbst mit. Deswegen kann man damit auch problemlos neuere Versionen installieren.
In Linux ist es aber eher üblich einen Paketmanager zu benutzen wobei Programpakete dann die notwendigen Bibliotheken in Form von weiteren Bibliothekspaketen anfordern. Da letztere ebenfalls über den Packetmanager kommen, können diese auch unabhängig von den Programmen aktualisiert werden. Bibliotheken können dann gemeinsam benutzt werden und es spart Platz.
Interessanter ist jedoch das Thema Sicherheitsupdates. Wenn es für eine Bibliothek ein Sicherheitsupdate braucht, dann kann das über den Paketmanager zentral aktualisiert werden und es kommen alle Programpakete automatisch in den Genuss davon. Jedes snap oder flatpacks muss hingegen explizit ein Update vom "Ersteller" bekommen, sonst verwendet es weiter die alte Bibliothek. Damit dauert es oft länger, bis snaps / flatpaks mit den neuesten Updates versorgt sind, denn der "Ersteller" muss die ja erstmal neu mit den Aktualisierungen erstellen. Manchmal wird auf sowas auch gar nicht geachtet. Und der Nutzer vom Snap/Flatpak muss auch mitbekommen, das Sicherheitsupdate notwendig ist.