Hast Du eventuell gemutete Spuren mit SysEx-Daten in Deinem Projekt ? Eventuell Ordnerspuren ?
In meinem Cubase SX3, letzte Version, "lecken" Controllerdaten aus gemuteten Spuren gelegentlich.
Ich hab's eben mal ausprobiert: wenn ich Controllerdaten, die den Pulse in den Edit-Modus bringen, auf eine Midi-Spur aufnehme und diese dann stummschalte, springt der Pulse trotzdem bei Betätigung der Stop-Taste in den Edit-Modus.
Ich weiss auch nicht, ob das ein Bug ist oder oder ein Feature, das man irgendwo in den Voreinstellungen ausschalten kann. Ich tippe aber mal eher auf ersteres ;)