Ner Truecrypt Datei sollte eigentlich egal sein, auf welchem Dateisystem sie liegt. Nachtrag: aaah, jetzt seh ichs, die Datei ist vmtl zu groß für Fat32.
Das Problem bei NTFS dürfte in der Praxis schnell offensichtlich werden: Zu jeder Datei auch Zugriffskontrolllisten abgelegt werden, die bestimmen, welcher Benutzer was mit welcher Datei machen kann. Da Windows zur Zuordnung jedem Benutzer eine komische (zufällige?) ID gibt, ist es höchst unwahrscheinlich, dass Dateien, die du mit einem Computer auf den Stick speicherst mit einem anderen Computer problemlos gelesen werden kann. Falls dem so ist, könnte man Versuchen, als "Administrator" die Zugriffskontrolllisten so anzupassen, dass "JEDER" alles darf. Eventuell kann man Windows auch beibringen, NTFS von Wechseldatenträgern so zu mounten, das die Zugriffskontrolle einfach alles erlaubt.